最高治理單位的薪酬政策
本院醫護人員薪酬政策的決定流程是由行政院主導，並由人事行政總處負責規劃，經過相關審核程序後，由行政院長核定，並由行政院退輔會實施。本院依據「公務人員任用法」、「聘用人員聘用條例」、「勞動基準法」及「勞動契約書」等相關規定及各類函釋辦理。考績獎金及年終工作獎金的發放皆依「公務人員考績法」及「軍公教人員年終工作獎金發給注意事項」規定辦理。員工依其任（聘、僱）用法令（規）不同，分為公務、工級、聘用、約用等四類人員，並需接受考核，每年1至4月及5至8月對全院人員實施平時成績考核。年資之晉級依公務人員考績法及勞動契約（工作規則）辦理，薪資則根據不同的工作負荷給予不同的起薪、每年晉級、優秀員工的提敘及較高的績效獎金的點值來減少與正職員工的薪資差距。基本薪酬之調整依據行政院訂頒全國軍公教員工待遇支給要點及勞動部公告規範辦理。2024年本院配合政府軍公教人員待遇調整，全面調薪4％，約用人員參考地區市場物價水準及勞動部所訂基本工資，調整本俸4％至8.22%。
1.公務人員及工級人員：依「公務人員俸給法」、「公務人員加給給與辦法」及行政院訂頒「全國軍公教員工待遇支給要點」發給。為充分照顧職員保障其生活條件，新進人員之敘薪是衡量人力市場供需情形與薪酬行情訂立標準，優於勞基法所規定之基本薪資，並考慮其擔任之工作、學歷、相關工作年資、市場人力需求狀況、參酌現有擔任相同工作或相等年資人員之薪給等。2024年配合政府軍公教人員待遇調整，全面調薪4％，約用人員參考地區市場物價水準、勞動部所訂基本工資，調整本俸4％~8.22%，均自2024年起生效實施。
2.聘用人員（聘用住院醫師）：依國軍退除役官兵輔導委員會核定「三所榮民總醫院聘用住院醫師酬金標準表」發給。
3.約用人員：依國軍退除役官兵輔導委員會核訂頒「約用人員薪資表及遴用資格標準表」規定發給。亦根據不同工不同酬的原則給予不同的獎金。每年依工作表現及考績得以提敘。
4.基本薪資之調整，依據（比照）行政院訂頒全國軍公教員工待遇支給要點及勞動部公告規範辦理；基本薪資年資之晉級依公務人員考績法及勞動契約（工作規則）辦理。
5.考績及年終工作獎金之發給是依據「公務人員考績法」、「軍公教人員年終工作獎金發給注意事項」及行政院公告規定辦理。總院依照「三所榮民總醫院經營績效獎金核發要點」及其「經營績效獎金核發要點暨工作獎金各種差假核發作業規定」，依員工工作績效評核結果發給。
依勞基法、勞工退休金條例、公務員退休資遣撫卹辦法、公務人員個人專戶制退休資遣撫卹法，提撥舊制勞工退休準備金及新制6％勞工退休金。員工參與退休計劃比率100%。公務人員退撫基金儲金部分按規定，每月僱主提撥65%之退撫基金，適用公務人員個人專戶制之職員亦可自願增提5.25%上限儲金；新制退休金則依每位享有新制退休金資格者之勞工退休金級距，按月提撥6%至員工個人退休金專戶，除僱主固定提撥6%之退休金外，員工另可依個人意願選擇退休金級距0%~6%不等之退休金，提存至個人退休金專戶中，以保障員工退休後的生活。
另依「公務人員退休資遣撫卹法」、「公務人員個人專戶制退休資遣撫卹法」提撥退撫金儲金，聘用醫師依「各機關學校聘僱人員離職儲金給與辦法」提撥離職儲金或勞工退休金。退休人員慰問金發給則依據行政院公告規定辦理。