高雄榮總為非營業特種基金(作業基金)且為公務機關，本自給自足原則，並參照過去實績及業務增減情形，核實估計賸餘，業務收入來源包含醫療收入、其他業務收入及業務外收入。
2019年度決算(含臺南及屏東分院)業務收入120.75億元，業務外收入6.92億元，總收入127.67億元；業務成本120.48億元，業務外費用2.09億元，總成本122.57億元，全年賸餘5.10億元。所有預算及決算書均公開透明並公告於高雄榮總官網—政府公開資訊—預算及決算網頁，讀者可自行上網查詢：http://www.vghks.gov.tw。
