透過世界水資源研究所(World Resources Institute, WRI)之水資源風險評估工具(Water Risk Atlas)評估總、分院等營運所在地風險均為低度風險(Low-Medium)。
管理目標為減少能源之使用量，以達到節能減碳目的。管理水的使用效率及廢水的排放標準,使其符合相關法規。總院水資源以2020年為基準年，至2022年整體水資源減少5%為目標，臺南分院以減少1%為目標。
- 總院採責任分區管理，發現用水設施有老舊故障有滲漏情形，立即請修，避免造成耗能情事。定期檢討責任區內用水設備是否可降低水量，或加裝節水器(如噴灑式龍頭等)。新改建廁所採二段式省水馬桶及水龍頭，依使用區分按壓不同沖水把手，達到節水目的。公廁自動感應龍頭，自動控制出、停水，符合節水及感染管制要求。汰舊更新有節能標章之飲水機。浴廁蓮蓬頭加裝省水裝置，依省水器之節水效率，達到節水功能。RO排放水收集後，給予澆花使用或再回收利用。廚房洗碗機洗滌水循環再利用，因有循環水供作沖洗之用，原水龍頭即可調整為小水量補充，達到節約用水之目的。臺南分院管理作為有公共廁所等其它用水設備使用自動感應省水龍頭(50組)，使用回收污廢水作為庭園用水及定期記錄用水量，不定時的全院供水管路檢查，避免異常的漏水現象。
- 總院相較於2020基準年（451,653度），2022年實用水量536,517度，未能達標，其主因係受COVID-19疫情影響，於防疫與空調冷卻水系統耗水量增加。臺南分院則是因應嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19)，增加院內清潔與消毒次數，3年度平均用水量增加13.19%。
總院2022年總用水量計536,5177度，其中自來水水源來自於高屏溪攔河堰提供，而部份水源則採地下水供應，該地下水均向主管機關申請核定通過使用水權，並定期申報用水量，對當地水源並無重大影響。 臺南分院2022年總用水量計98,258度 ，因院區建築物位於永康市區，使用水源為自來水，來源為南化水庫、曾文水庫提供，對於保護區、生物多樣性及當地社區不會造成影響，為環境友善醫院。