空氣污染防制方面，本院鍋爐設施依法取得固定污染源操作許可證，並制訂空氣污染管理辦法，建立操作、檢測及緊急應變措施，以確保符合空氣污染防制相關法令，每年依規定頻率，定期實施煙道排氣品質檢測，檢測結果皆符合法定排放標準，並向高雄市政府環保局申報。
廢棄物管理方面，針對廢棄物處理流程制定相關管理程序書，公開招標遴選合格廠商(含審查營業登記證、許可營業項目、處理廠許可營運量、事業負責人、清理車籍證明…等)。每日上網申報當日處理量(聯單)外，清運車輛依環保署規定裝設GPS系統隨時監控車輛行走路線，且每年至少跟車追蹤四次以上，以確保運送過程無虞，處理廠亦提供妥善處理證明文件。應研究之需要有產生化學廢液，2022年計產出213公斤，委託合格廢棄物運輸公司將化學廢液運至事業廢棄物處理廠處理。