♦空氣污染防制
高雄榮總鍋爐設施依法取得固定污染源操作許可證，並制訂空氣污染管理辦法，建立操作、檢測及緊急應變措施，以確保符合空氣污染防制相關法令，每年依規定頻率，定期實施煙道排氣品質檢測，檢測結果皆符合法定排放標準，並向當地環保局申報。
♦廢水管理
高雄榮總取得納管排放許可證明，廢水經過院內初級處理後納管，符合政府規定之污水下水道可容納之下水水質標準；臺南及屏東分院廢水100%經院內之處理廠淨化後排放至環保機關核可之水體，處理後之放流水定期檢測水質及申報，各項水質檢測數據均遠低於法定限值。
♦廢棄物管理
高雄榮總針對廢棄物處理流程制定相關管理程序書，公開招標遴選合格廠商(含審查營業登記證、許可營業項目、處理廠許可營運量、事業負責人、清理車籍證明…等)。每日上網申報當日處理量(聯單)外，清運車輛依環保署規定裝設GPS系統隨時監控車輛行走路線，且每年至少跟車追蹤兩次(臺南分院每年跟車追蹤1次)以上，確保運送過程無虞，處理廠亦提供妥善處理證明文件。
總院除了廢棄物之外，應研究之需要亦產生化學廢液，2019年共產出460公斤，並委託合格廢棄物運輸公司將廢棄物運至事業廢棄物處理廠處理。臺南分院及屏東分院並無廢液產生。
